หน่วยงานตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ก่อตั้งขึ้นในปีพ.ศ.2524 ซึ่งเป็นไปตามมติ ครม.  เมื่อวันที่17 สิงหาคม พ.ศ.2519 ที่ให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่เทียบเท่ารวมถึงจังหวัดทุกจังหวัด มีตำแหน่งอัตรากำลังเพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายในโดยเฉพาะ และให้ผู้ตรวจสอบภายในขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ โดยในระยะแรกมีชื่อเรียกหน่วยงานว่าหน่วยตรวจสอบภายใน ทำหน้าที่ตรวจสอบทางบัญชีเพียงอย่างเดียว ต่อมางานตรวจสอบภายในมีบทบาทหน้าที่ครอบคลุม ถึงการตรวจสอบ วิเคราะห์ และการประเมินความเพียงพอและประสิทธิผลของระบบการควบคุมภายในและการบริหารความเสี่ยงของส่วนราชการโดยมุ่งเน้นการให้ความเชื่อมั่นและให้คำปรึกษาแนะนำ

จึงมีภาระงานหลายด้าน อาทิ ประเมินประสิทธิภาพ ประสิทธิผลของการดำเนินงาน สอบทานการปฏิบัติตามกฎระเบียบสอบทานความถูกต้องและเชื่อถือได้ของข้อมูล เป็นต้น ดังนั้นเพื่อให้การดำเนินงานตรวจสอบภายในของมหาวิทยาลัยฯ เป็นไปตามบทบาทหน้าที่ดังกล่าวสภามหาวิทยาลัยฯจึงยกระดับหน่วยงานเป็นสำนักงานตรวจสอบภายใน โดยให้มีฐานะเทียบเท่ากองและขึ้นตรงต่ออธิการบดี ตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ.2549และมีสำนักงานตั้งอยู่ที่ชั้น8 อาคารสารนิเทศ50ปี